القصة استقر كينشين في حياته الجديدة مع كاورو وأصدقائه الآخرين عندما تم الاتصال به بطلب من حكومة ميجي. ماكوتو شيشيو، قاتل سابق مثل كينشين، تعرض للخيانة، وأضرم فيه النار وترك ليموت. لقد نجا، وهو الآن في كيوتو، يتآمر مع محاربيه المجتمعين للإطاحة بالحكومة الجديدة. ضد رغبة كاورو، يوافق كينشين على مضض على الذهاب إلى كيوتو والمساعدة في منع بلاده من العودة إلى الحرب الأهلية.
