القصة في ظل الهجوم المستمر من قبل مخلوقات وحشية تسمى الملائكة والتي تسعى إلى القضاء على البشرية، تقدم وكالة الأمم المتحدة الخاصة NERV طيارين جديدين من إيفا للمساعدة في الدفاع عن مدينة طوكيو-3: ماكينامي ماري إلوستروس الغامض وأسكا لانجلي شيكينامي المكثفة. في هذه الأثناء، يشرع غيندو إيكاري وسيلي في مشروع سري يضم كلًا من ريه وشينجي.
